Napisałeś Jarku, że “W przypadku MTHFR mówi się o około 50 polimorfizmach, z tego tak naprawdę są udokumentowane 3 i znamy ich znaczenie…w miarę precyzyjnie.”

Niech mi wolno będzie dorzucić parę słów od siebie. Sprawa jest trochę bardziej skomplikowana. Gen MTHFR ma 9 transkryptów i koduje więcej niż jedno białko (sytuacja dość typowa, ponad 90% genów u człowieka “zachowuje się” w podobny sposób).

Transkrypty dla tego genu możemy zobaczyć np.: na stronie ensembl.org:
http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000177000;r=1:11845780-11866977

Dla przykładu, na pierwszym transkrypcie (tym o długości 7057bp) może występować ponad 600 wariantów (głównie SNP):
http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/ProtVariations?db=core;g=ENSG00000177000;r=1:11845780-11866977;t=ENST00000376592

Sporą część SNP stanowią tutaj tzw. “Missense variant” (to co opisujesz za pomocą analogi z zamkiem i kluczem). Niemniej jednak ontologia sekwencji jest bardziej rozbudowana i obejmuje też takie rzeczy jak “Stop gained”, “Frameshift variant”, “Splice region variant” (żeby wymienić tylko kilka). Ontologię sekwencji wraz z opisem można znaleźć na stronie ensembl:
http://www.ensembl.org/info/genome/variation/predicted_data.html

Strona snpedia.com zawiera informację o ograniczonej liczbie polimorfizmów (niecałe 90tyś.). Biorąc pod uwagę, że w wynikach z 23andMe lub MTHFR Genetics (jeśli chodzi o surowe dane to jeden czort, bo MTHFR Genetics korzysta z usług 23andMe) jest ponad pół miliona polimorfizmów to w ich ocenie nie można się oprzeć w mojej opinii wyłącznie na raporcie z promethease (ani tym bardziej na raportach z nutrahacker, geneticgenie czy livewello).

W bazie ClinVar (która agreguje informacje na temat wariantów genetycznych i ich wpływu na ludzkie zdrowie) jest opisanych ponad 60 różnych wariantów dla genu MTHFR. W wynikach z 23andMe i MTHFR Genetics znajdziemy tylko 6 z tych 65 wariantów z ClinVar (rs2274976, rs45590836, rs4846051, rs1801131, rs1801133, rs2066466). Dziecko może mieć poważną postać homocystynurii warunkowaną zmianą genetyczną w MTHFR (np.: rs121434296, rs267606887, rs267606886) i nie dowiemy się o tym z wyników badań w 23andMe i MTHFR Genetics. Może w sumie nie mam się co dziwić, wydaje mi się, że celowano tam w bardziej “popularne” polimorfizmy.

Pozdrawiam