Wszystkie polimorfizmy MTHFR.

Listopad 20, 2016 by
Kategoria: MTHFR i inne polimorfizmy

Dostajecie panele genetyczne i okazuje się, że macie w nich więcej danych niż się spodziewacie. Tak jest z polimorfizmami genu MTHFR, który dla Was jest najbardziej znany.

image

Dostajecie taką tabelkę i się cieszycie, że wszystkie polimorfizmy są na zielono, choć ten jeden, akurat Wam znany najbardziej jest w polimorfizmie i to tym, który opisany jest najlepiej jako niosący ryzyko wielu problemów.

Zacznijmy zatem od początku.

Nazwa genu zawsze pisana jest z dużej litery, italiką i tak mamy gen MTHFR. Naukowcy postanowili sobie uprościć życie, a nam laikom pomieszać w głowie i stwierdzili, że enzym, którym zarządza dany gen będzie nazwany tak samo i będzie pisany normalną czcionka czyli MTHFR.

http://www.biosciencewriters.com/Guidelines-for-Formatting-Gene-and-Protein-Names.aspx

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_nomenclature#Human

Jednakże dopuszcza się stosowanie zarówno italiki jak zwykłej czcionki do opisania genów. Stąd ja, może trochę niechlujnie, stosuję jednolitą nomenklaturę do opisania genów i enzymów.

Nazwy genów są określane przez specjalną komisję i są skrótami od słów z języka angielskiego stąd MTHFR pochodzi od the methylenetetrahydrofolate reductase gene (methyl-ene-tetra-hydro-folate-reductase).

Co to są te enzymy?

Są to produkty wytwarzane przez gen, stąd gen MTHFR produkuje enzymy MTHFR. Gdy mamy polimorfizm genu MTHFR po prostu gen “zmieniony”, to MTHFR produkuje niewłaściwy enzym MTHFR. Jest on zmieniony ze względu na ilość i przede wszystkim KSZTAŁT. Stąd jeżeli  jest zmieniony to po prostu nie pasuje do “kształtu dziurki” do której powinien być dostawiony niczym “klucz”. Powoduje to, że albo dany proces nie przebiega właściwie, bo nie dało się spasować “klucza do zamka”, albo z dużymi oporami, gdyż klucz nie jest oryginałem i bardzo trudno jest “otworzyć zamek”. To powoduje uruchomienie kaskady zmian w procesach chemicznych, które przekładają się na problemy zdrowotne.

Czy jest tylko jeden polimorfizm tego genu?

Nie i to powoduje kolejne problemy. W przypadku MTHFR mówi się o około 50 polimorfizmach, z tego tak naprawdę są udokumentowane 3 i znamy ich znaczenie…w miarę precyzyjnie.

image

https://www.snpedia.com/index.php/MTHFR

Pierwszy polimorfizm to rs 1801133 znany nam jako MTHFR C677T, Ala222Val lub A222V. Ten polimorfizm jest związany z cyklem kwasu foliowego i jest nośnikiem grupy metylowej potrzebnej do remetylacji homocysteiny przy udziale genów MTRR i MTR.

image

W momencie gdy mamy homozygotę na tej pozycji to wg. SNPedii mamy około 30% oczekiwanej funkcjonalności tego enzymu. Odpowiednio dla heterozygoty będzie to około 65% oczekiwanej efektywności tego enzymu.

Co to oznacza? Wracamy do “teorii zamka”. Jeżeli mamy gen MTHFR, który ma 50 “zamków” do których potrzebujemy 50 kluczy, to musimy dopasować je w idealny sposób by poszczególne zamki móc otworzyć. W układzie organizmu oznacza, że musimy mieć dopasowane 50 enzymów by cały proces na swojej “długości” był efektywny. W przypadku MTHFR C677T mamy zatem jeden “zamek “do którego “klucz” z trudem jest dopasowany przez co znacząco ogranicza się możliwość jego otwierania.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs1801133

 

Drugim polimorfizmem szeroko opisywanym jest  rs1801131, MTHFR A1298C inaczej E429A. Zależność jego działania opisywałem wielokrotnie wskazując, że jest szczególnie istotny przy recyclingu BH4 z postaci qBH2.

image

http://www.zespoldowna.info/jak-wplywa-bh4-na-neuroprzekazniki.html

image

http://www.zespoldowna.info/analizujemy-metylacje-cz-13-o-polimorfizmie-mthfr-a-1298-c-i-4-sciezkach-produkcji-bh-4.html

http://www.zespoldowna.info/zespol-downa-nie-jest-problemem-problemem-sa-polimorfizmy-i-mutacje-dziedziczone-od-rodzicow-czyli-temat-fenyloketonurii-bh4-genu-pah.html

Oznacza to, że kwas foliowy który jest podstawowym składnikiem reakcji zarządzanych przez gen MTHFR, ma istotny wpływ na dwa podstawowe KOFAKTORY POTRZEBNE DO PRODUKCJI NEUROPRZEKAŹNIKÓW:

-SAMe będący efektem całego procesu metylacji homocysteiny w którym kluczowe znaczenie ma kwas foliowy w wersji metylowej (metylacja wpływa na geny i ich aktywność)

-BH4 który jest efektem regeneracji z postaci qBH2 do postaci BH4 dzięki kwasowi foliowemu w postaci folianu (tetrahydrofolianu) (MA ISTOTNE ZNACZENIE DLA PRODUKCJI DOPAMINY, NORADRENALINY, ADRENALINY, SEROTONINY)

Sprawność enzymu MTHFR w połączeniu obu wariantów pokazuje doskonale poniższy slajd:

image

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2729516/

https://selfhacked.com/2016/05/18/need-know-mthfr-genespolymorphisms-c677t-rs1801133/

Trzecim polimorfizmem jest  rs2274976, MTHFR G1793A inaczej R594Q, który silnie związany jest z występowaniem rozszczepów.

Pozostałe uważane za istotne to:

MTHFR A1572G https://livewello.com/snp/rs17367504 związany z preeklampsją (rzucawką) w ciąży kobiet i podwyższonym ciśnieniem.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27755385

http://www.ptmp.com.pl/png/png2z2_2009/PNG22-3-Leszczynska.pdf

https://www.snpedia.com/index.php/Rs17367504

MTHFR 03 P39P https://livewello.com/snp/rs2066470 związany jest z chorobami serca u kobiet i zaburzeniami menopauzy.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs2066470

Opisy większości różnych wariantów znajdziecie tutaj:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4524

https://livewello.com/library/mthfr-snps-in-your-23andme-raw-data?id=3564048

http://www.nature.com/ejhg/journal/v10/n2/full/5200767a.html

WNIOSKI:

1.Kluczowe są w istocie oba najbardziej poznane warianty C677T i A1298C.

2.Mają one wpływ na: metylację (C677T), która reguluje funkcjonowanie genów, jak i na funkcjonowanie neuroprzekaźników poprzez wpływ na ilość zregenerowanego BH 4 (A1298C).

3.Im więcej mamy polimorfizmów tym problem jest bardziej skomplikowany, gdyż należy uwzględnić różne substancje, różne mechanizmy i różną efektywność genów/enzymów.

4.Jeżeli chcemy poprawić funkcjonalność/efektywność genu/enzymu MTHFR musimy pamiętać o koniecznym jego wsparciu witaminą B 2, która jest dla niego istotnym “dopingiem” do działania.

Komentarze

Liczba komentarzy: 2 do “Wszystkie polimorfizmy MTHFR.”
  1. ksh78 pisze:

    Hej

    Napisałeś Jarku, że “W przypadku MTHFR mówi się o około 50 polimorfizmach, z tego tak naprawdę są udokumentowane 3 i znamy ich znaczenie…w miarę precyzyjnie.”

    Niech mi wolno będzie dorzucić parę słów od siebie. Sprawa jest trochę bardziej skomplikowana. Gen MTHFR ma 9 transkryptów i koduje więcej niż jedno białko (sytuacja dość typowa, ponad 90% genów u człowieka “zachowuje się” w podobny sposób).

    Transkrypty dla tego genu możemy zobaczyć np.: na stronie ensembl.org:
    http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000177000;r=1:11845780-11866977

    Dla przykładu, na pierwszym transkrypcie (tym o długości 7057bp) może występować ponad 600 wariantów (głównie SNP):
    http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/ProtVariations?db=core;g=ENSG00000177000;r=1:11845780-11866977;t=ENST00000376592

    Sporą część SNP stanowią tutaj tzw. “Missense variant” (to co opisujesz za pomocą analogi z zamkiem i kluczem). Niemniej jednak ontologia sekwencji jest bardziej rozbudowana i obejmuje też takie rzeczy jak “Stop gained”, “Frameshift variant”, “Splice region variant” (żeby wymienić tylko kilka). Ontologię sekwencji wraz z opisem można znaleźć na stronie ensembl:
    http://www.ensembl.org/info/genome/variation/predicted_data.html

    Strona snpedia.com zawiera informację o ograniczonej liczbie polimorfizmów (niecałe 90tyś.). Biorąc pod uwagę, że w wynikach z 23andMe lub MTHFR Genetics (jeśli chodzi o surowe dane to jeden czort, bo MTHFR Genetics korzysta z usług 23andMe) jest ponad pół miliona polimorfizmów to w ich ocenie nie można się oprzeć w mojej opinii wyłącznie na raporcie z promethease (ani tym bardziej na raportach z nutrahacker, geneticgenie czy livewello).

    W bazie ClinVar (która agreguje informacje na temat wariantów genetycznych i ich wpływu na ludzkie zdrowie) jest opisanych ponad 60 różnych wariantów dla genu MTHFR. W wynikach z 23andMe i MTHFR Genetics znajdziemy tylko 6 z tych 65 wariantów z ClinVar (rs2274976, rs45590836, rs4846051, rs1801131, rs1801133, rs2066466). Dziecko może mieć poważną postać homocystynurii warunkowaną zmianą genetyczną w MTHFR (np.: rs121434296, rs267606887, rs267606886) i nie dowiemy się o tym z wyników badań w 23andMe i MTHFR Genetics. Może w sumie nie mam się co dziwić, wydaje mi się, że celowano tam w bardziej “popularne” polimorfizmy.

    Pozdrawiam

  2. Can pisze:

    Wybacz mi ale odpowiem tak: Twoje słowa sa jak słowa mojego syna genetyka. Wszystko fajnie, dane które podajesz są super, ale kto oprócz Ciebie, mojego syna zrozumie co z tego wynika. Jesteście na dużo wyższym poziomie percepcji niż ja więc pozwól, że zatrzymam się na tym co napisałem. A przy okazji wszystkim polecam moją ulubioną bazę http://www.ensembl.org którą z namiętnością sprawdzam, chcąc być jak najbardziej przygotowany do dyskusji. Dziękuję za uwagi.

Wyraź swoją opinię

Powiedz nam co myślisz...